En parallèle des activités liées à la faune sauvage captive (élevage et soins, suivis de croissance, relevés biométriques), le Centre participe également à des suivis faunistiques menés dans le cadre d’observatoires de la biodiversité ou encore d’étude et de conservation d’espèces.

Ce programme en place depuis 1989 et coordonné au niveau national par le Centre de Recherche sur la Biologie des Populations d’Oiseaux (CRBPO) en partenariat avec de nombreuses associations de protection de la nature et de collectivités (Parcs naturels régionaux et nationaux), permet d’étudier l’évolution des populations d’oiseaux dans les grands types d’habitats en France.
Dans le cadre d’un observatoire de la biodiversité associée aux agro-systèmes, en partenariat avec le Parc naturel régional du Luberon, le Centre est investi chaque année dans le programme STOC. Ce suivi vise à mesurer localement la tendance évolutive des passereaux communs dans les milieux agricoles.
Le hibou petit duc est également intégré à ce programme palliant ainsi l’absence de suivi pour cette espèce de hibou ailleurs en France. Cette espèce, en déclin en Europe, est un nicheur à surveiller en France, avec des effectifs faibles et en danger latent (moins de 10% de l’effectif nicheur européen y est présent). Les principales causes de déclin évoquées sont liées à la disparition des proies, par usage excessif des produits phytosanitaires ainsi que la destruction de ses terrains de chasse et des sites convenant à sa nidification.