La recherche des espèces présentes constitue une étape clé dans la réalisation de toutes les études environnementales. La LPO PACA met tout en œuvre pour assurer la qualité des inventaires naturalistes qu'elle réalise.
Pour cela l'équipe salariée en charge des études est constituée de spécialistes pluridisciplinaires : entomologues, herpétologues, ornithologues, mammalogues, botaniste, etc. et contacte le cas échéant des naturalistes référents dans leur domaine pour apporter un soutien ponctuel sur des groupes taxonomiques peu courant.
Outre leurs compétences validées par plusieurs années de pratique, les naturalistes de la LPO PACA utilisent des protocoles de recherche des espèces (et d'échantillonnage) approuvé par la communauté scientifique, dont l'efficacité a été démontrée. Les protocoles standardisés sont le plus souvent utilisés afin de permettre des comparaisons et des suivis ultérieurs. Pour atteindre une détection optimum des espèces la LPO PACA prend évidemment en compte l'écologie des espèces recherchées et les périodes de plus fortes activités.
Les inventaires sont systématiquement précédés d'une phase de préparation du terrain, comprenant un repérage sur photo aériennes et une recherche bibliographique.
Les données collectées sont ensuite saisie dans une base de données géoréférencées avant d'être utilisées pour établir les comptes-rendus de visite, cartographies, analyses, etc. Le statut réglementaire et la rareté des espèces recensées sont détaillés dans les résultats de l'inventaire.