La région PACA est en train de subir la sixième grande crise écologique de la planète à une vitesse supérieure aux autres régions de France. C'est la combinaison de plusieurs traumatismes qui nous amène à une érosion de la biodiversité.
La première caractéristique de la région PACA est une dynamique démographique importante. En 50 ans, la région a accueilli deux millions d'habitants supplémentaires, ce qui représente la plus forte évolution des régions françaises. Cette augmentation de la population entraîne une forte demande en matières premières (eau, granulats, bois) et espaces naturels, ainsi qu'une forte émission de polluants et de déchets. Cette expansion se fait au prix de la destruction, de la fragmentation et du mitage des habitats naturels sous le coup des projets immobiliers et des nouveaux réseaux de transport, tout particulièrement sur le littoral.
Le changement climatique sera probablement responsable de plus de 25% de l'altération des habitats dans les décennies à venir. Les Alpes du Sud en enregistrent déjà les premiers effets à travers la réduction des glaciers.
L'envahissement généralisé de nos écosystèmes par les espèces exotiques déstabilise les milieux naturels de la région, à l'instar de l'Herbe de la pampa, la jussie, les mimosas et l'eucalyptus notamment dans les zones thermophiles.
La contamination chimique des milieux est liée au secteur agricole. Pour accroître leurs rendements, certains agriculteurs ont adopté des méthodes intensives caractérisées par l'usage massif d'intrants et une production maximale rapportée à la main d'oeuvre, au sol ou aux autres moyens de production tel que le matériel agricole. La chimie est au coeur du dispositif avec les engrais chimiques, les traitements herbicides, fongicides, insecticides, régulateurs de croissance, etc.
Le secteur industriel est l'un des plus importants producteurs d'émissions, polluant l'atmosphère, les sols et les nappes aquifères. Enfin, les polluants d'origine ménagère viennent apporter des pollutions hétérogènes et chroniques.