L'information collectée au cours des différents types d'étude est utilisée pour analyse dans le cadre précis de la commande initiale. Les données naturalistes peuvent également avoir une « seconde vie » en étant réutilisées ultérieurement pour de nouvelles analyses : suivi temporel sur un même site, comparaison avec d'autres sites, réalisation d'atlas de répartition des espèces et recherche scientifiques sur les populations.
Les données doivent être précises, géoréférencées et traçables. La base de données les accueillant doit en conséquence être adaptée et permettre d'éditer des requêtes précises pour l'analyse ultérieure. L'organisation et le formatage des données collectées, avec de nombreux champs contextuels, est donc indispensable pour atteindre ces objectifs.
La LPO PACA s'est doté d'outils performants pour saisir, administrer et analyser les données. La base de données faune-paca.org, développée par la LPO PACA, constitue un des systèmes d'informations régional sur la biodiversité les plus aboutis actuellement. Cet outil est la concrétisation du savoir-faire de la LPO PACA dans la gestion de base de données. Ceci permet à la LPO PACA d'être en mesure de transmettre aux commanditaires des études les informations sous forme de base de données aisément exploitables.