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La LPO PACA développe un programme de formations à destination des professionnels, entreprises, collectivités, particuliers et de ses membres pour agir avec plus d'efficacité pour la préservation et la connaissance de la biodiversité régionale. Un programme de formations spécifique a été mis en place sur l'Étang de Berre dans un but de participation citoyenne à l'amélioration des connaissances naturalistes.

Le comptage Wetlands est un recensement international des oiseaux d'eau qui s'effectue annuellement sur toutes les zones humides de la planète. Le but de cette opération concertée est d'estimer la taille des populations des espèces concernées, d'évaluer les tendances des effectifs et de déterminer l'évolution de la distribution des différentes populations.

Entre les falaises des Alpilles, la plaine de Crau, les nombreuses garrigues ou encore les zones humides de Camargue, les Bouches-du-Rhône sont un territoire d’exception. Pour autant le département n’est pas épargné par les menaces qui pèsent sur la biodiversité. C’est dans la continuité des engagements de la LPO PACA à protéger et faire connaître la nature que salariés et bénévoles développent leurs propres initiatives.

Les membres actifs de l’association se réunissent tous les mois au sein des sept groupes locaux. 
Les bénévoles se mobilisent pour participer aux comptages des oiseaux d’eau hivernants dont les comptages Wetland sur les zones humides, aux enquêtes rapaces, hirondelles, aux inventaires des plans nationaux d’actions, au suivi de la reproduction des Fous de Bassan et pour les Atlas de Biodiversité Communaux. La LPO Provence-Alpes-Côte d'Azur réalise de plus des expertises naturalistes pour le compte de partenaires privés ou publics.