En dehors de l'île de Port-Cros, le Parc national gère l'île voisine de Porquerolles, la presqu'île de Giens, le Cap Lardier. Il participe en tant que conseiller technique et scientifique à la gestion des Salins d'Hyères, zone humide riche en oiseaux. Il administre le Conservatoire botanique national méditerranéen de Porquerolles, chargé de la conservation de la flore sauvage. Il anime la partie française du Sanctuaire Pelagos pour la protection des mammifères marins en Méditerranée.