Dès la création du premier magasin Nature & Découvertes en 1990, l'enseigne a décidé, en plus de ses engagements éducatifs, d'être des acteurs de la protection de la nature aux côtés des associations de terrain, en France et en Afrique. Ces petites et grandes associations font un travail exceptionnel de proximité, mais il leur manque, généralement, l'argent nécessaire pour financer leurs projets. Et c'est là que la Fondation Nature & Découvertes, placée sous l'égide de la Fondation de France, peut les aider.
Le Fondation Nature et Découvertes a soutenu dans le passé différents différents projets de création ou de réhabilitation des structures du centre de sauvegarde.